1)馬德里注冊需要申請基礎(chǔ)，歐盟注冊不需要;2)在時(shí)間方面，順利的情況下，通過馬德里指定歐盟注冊比直接通過歐盟申請注冊完成所需的時(shí)間長。通過馬德里指定歐盟的申請是經(jīng)我國國家商標(biāo)局提交至國際局，再由國際局遞交給歐盟內(nèi)部市場協(xié)調(diào)局，最后才由內(nèi)部市場協(xié)調(diào)局分發(fā)給歐盟成員國審查;歐盟申請則是直接將申請?zhí)峤恢翚W盟市場協(xié)調(diào)局，然后分發(fā)給各個(gè)歐盟成員國審查，馬德里注冊一般是在各成員國收到申請后12～18個(gè)月內(nèi)審查完畢，歐盟注冊一般也是12～18月就可以完成。由于馬德里注冊指定歐盟的申請前期需要經(jīng)過層層轉(zhuǎn)交才能到達(dá)各歐盟成員國，所以總時(shí)間上有半年左右的差距。3)在注冊證書方面，通過馬德里指定歐盟注冊成功后，國際局不會(huì)頒發(fā)相應(yīng)的注冊證書;而通過歐盟直接注冊完成后歐盟內(nèi)部市場協(xié)調(diào)局將核發(fā)注冊證作為商標(biāo)的權(quán)利憑證。4)在費(fèi)用方面，通過馬德里指定歐盟的費(fèi)用要比直接通過歐盟申請的費(fèi)用低。5)就申請程序而言，馬德里注冊指定歐盟的申請前期需要經(jīng)過層層轉(zhuǎn)交才能到達(dá)各歐盟成員國。