1、申請主體不同。申請爭議的人只能是在先注冊的商標所有人，而不當注冊商標的撤銷請求人可以為被請求撤銷商標注冊人之外的任何人，甚至可以直接由商標局依職權撤銷；商標異議的請求人則為任何人。 

2、適用對象不同。被爭議的商標和被撤銷的商標必須是已經注冊的商標，而被提出異議的商標是初步審定并公告但尚未被核準注冊的商標；商標異議程序是商標被核準注冊的必經程序，但對注冊商標爭議的裁定及商標注冊無效的補正不是必經程序。 

3、法定期限不同。對已經注冊的商標提出爭議的時間為自被爭議的注冊商標核準注冊之日起5年內；提出商標異議的商標異議的時間為自該商標初步審定并公告之日起3個月內；提出不當注冊商標的補正請求時間則因不同情況而有所不同。 

4、申請事由不同。注冊商標爭議的理由，即是在后注冊的商標與用于同一種或類似商品上在先注冊的商標相同或近似，其理由不能與核準注冊前 已提出異議并經裁定的事由和理由相同； 提出異議的理由是，經商標局初步審定并公告的商標違反了商標法的某一規(guī)定；撤銷注冊不當的商標的理由，是該注冊商標違反了《商標法》第10條、第11條和第12條的規(guī)定，或者是注冊申請人采用了欺騙手段或者其他不正當手段獲得注冊，以及違反商標法第13條、第15條、第16條和第31條規(guī)定而取得注冊的商標。 

5、受理機關不同。爭議必須向商標評審委員會提出，由商標評審委員會作出裁定；異議則應向商標局提出，對商標異議的裁定不服的，當事人可 向商標評審委員會申請復審；對注冊商標的撤銷，既可以由商標局依職權決定，也可以由他人請求商標評審委員會裁定，由商標評審委員會作出裁定，但對于由商標 局作出的決定，商標注冊人還可請求商標評審委員會復審。